一款非常專業的多序列比對軟件，Jalview官方版界面簡潔友好，功能實用，操作簡單，用戶需要先安裝相應的java組件才能夠正常使用，軟件可以有效地顯示、分析和跟蹤多個序列對齊，除此之外，軟件還提供了人性化的導入導出選項，可以以從到Fasta (Pearson)、GCG-MSF、ALN/ClustalW、AMPS塊文件、NBRF/PIR(包括MODELLER變體)或Pfam/Stockholm導入或導出數據，非常的方便實用。

軟件特色

1、人性化的序列顯示方式

2、支持對文字進行調整

3、自帶豐富的著色方案

4、支持自定義著色方案

5、可以依照保守性調整字母的顏色

6、支持導出保存為主流的文件格式

收起

安裝步驟

1、雙擊“install-jalview.exe”安裝

多序列比對軟件下載安裝教程圖一

2、點擊next出現安裝說明

多序列比對軟件下載安裝教程圖二

3、一直next安裝就可以了

多序列比對軟件下載安裝教程圖三

如何設置每行顯示的殘基數?

通過在Format 菜單下，點擊Wrap ，可使序列窗口中的序列的展示方式由“單段”顯示變為“分段”顯示，用鼠標拖動序列窗口邊緣改變窗口寬度的同時，每行顯示的殘基數隨之改變，如下圖。

多序列比對軟件下載安裝教程圖四

這里有兩種比對方式，都是很簡單的命令

一種是先比對，再生成樹文件（樹的格式是Newick format，）

muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a

muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy （這里有兩種構建樹的方式）

另外一種是比對成aln格式的數據，然后用其它軟件（phyml或者phylip）來生出樹文件

muscle -in mouse_J.pro -clwout seqs.aln

可以看到比對的效果還是蠻好的，是aln格式的比對文件，這個格式非常常用

多序列比對軟件下載安裝教程圖五

或者輸出phy格式的比對文件，

多序列比對軟件下載安裝教程圖六

保存GenBank格式的EntZEX文件，包含軌跡、定義、登錄、PID、NID、DbS源、關鍵字、源、引用、注釋和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多個序列文件保留任何輸入信息。此信息也保存在BIOGEDIT項目文件格式中。

以上就是多序列比對軟件下載安裝教程。