這是多重序列比對程序的Windows版本。Clustal X為進行多重序列和輪廓比對和分析結果提供一個整體的環境。

序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對中加亮保守區的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統多重比對和輪廓比對需要的所有選項。

你可以剪切、粘貼序列以更改比對的順序；你可以選擇序列子集進行比對；你可以選擇比對的子排列(Sub-range)進行重新比對并可插入到原始比對中；可執行比對質量分析，低分值片段或異常殘基將以高亮顯示。

安裝方法

1、下載解壓文件，找到clustalx.msi雙擊安裝

clustalx下載安裝使用方法教學圖一

2、選擇安裝位置C:Program Files (x86)clustalclustalx

clustalx下載安裝使用方法教學圖二

3、準備安裝，點擊install進入安裝

clustalx下載安裝使用方法教學圖三

4、安裝完成

clustalx下載安裝使用方法教學圖四

使用方法

1.載入序列：運行ClustalX，主界面窗口如下所圖（圖1），依次在程序上方的菜單欄選擇“File”－“Load Sequence”載入待比對的序列，

2.編輯序列：對標尺(Ruler)上方的序列進行編輯操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘貼)、Select All sequences(選定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列選定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(僅移除選定序列的空位)

3.參數設置：可以根據分析要求設置相對的比對參數。通常情況下，我們可以使用默認參數。比對參數主要有六個，分別是Reset New Gaps before Alignment(比對前重置新的空位參數)，Reset All Gaps before Alignment（比對前重置所有空位參數），Pairwise Alignment Parameters（兩兩序列比對參數），Multiple Alignment Parameters（多重序列比對參數），Protein Gap Parameters（蛋白空位參數），Secondary structure Parameters（二級結構參數）

修改參數只需點擊相應標簽，示例比對的是多序列比對，故可選擇“Multiple Alignment Parameters”彈出參數設置窗口，如圖5所示：

4.完全比對：返回菜單欄選擇“Complete Alignment”標簽，此時會彈出輸出文件路徑的設置窗口，設置Guide Tree File（向導樹或指導樹文件）、Alignment File（比對文件）的保存位置（存放路徑），點擊“Align”按鈕程序自動開始序列的完全比對，比對所需時間因序列文件大小和長度、計算機性能而異

clustalx下載安裝使用方法教學圖五

例子說明

A、B、C三條序列比對.

其實就是

A和B比

A和C比

B和C比

同理n條多序列比對就是做nC2次兩序列比對，因此多序列比對的本質就是多次兩條序列比對，也就是某條序列和其余的各個序列都進行一次比對.那么參數的設置當然就是設置兩條序列比對時的規則就可以了.

Clustalx的多序列比對算法是基于雙序列比對的，它先將所有序列兩兩比對，然后根據兩兩比對結果構建指導樹，再根據指導樹依次添加相似度最高的序列，直至全部序列都被加入.所以對雙序列比對參數的設置是Clustalx進行多序列比對所必需的~

以上就是clustalx下載安裝使用方法教學，希望大家喜歡