今天小編就為大家帶來基礎工具Clustalx的使用方法。CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比對程序的Windows版本。

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ClustalX 1.83 官方版
大小：502 KB
日期：2019/9/20 11:49:57
環境：WinXP,Win7,

Clustal是一種利用漸近法（progressive alignment）進行多條序列比對的軟件。即先將多個序列兩兩比較構建距離矩陣，反應序列之間兩兩關系；然后根據距離矩陣計算產生系統進化指導樹；然后從多條序列中最相似（距離近期）的兩條序列開始比對，按照各個序列在引導樹上的位置，由近及遠的逐步引入其它序列重新構建比對，直到所有序列都被加入形成最終的比對結果為止（Figure 1）。

基礎工具Clustalx的使用方法圖一

clustal 算法：

Clustal軟件有兩個版本，其中clustalw采用命令行的形式在DOS/Linux下運行的， Clustalx是可視化界面的程序，可在window電腦運行，我們今天學習Clustalx的使用。

1 安裝clustalx：

下載clustalx軟件，按照默認安裝到自己的電腦上。

2 準備要比對的序列：

將上節課搜索到的同源核酸fasta文件，全部粘貼到一個文本文件中，所有的蛋白質序列存入另一個文本文件。

基礎工具Clustalx的使用方法圖二

3 載入序列：

點擊開始－程序－clustalX2－clustalX2。

點主菜單File，選擇Load Sequence-選擇剛保存的序列文件，點打開。

注意：ClustalX程序無法識別漢字、帶空位的文件夾名，如my document。

載入序列后在左側窗口里是fasta格式序列的標識號，取自序列第一行“>”后的字符。

4 比對參數的設置：

比對前先要設置兩條序列比對的參數和多條序列比對的參數。

a.兩條序列比對的參數

點擊Alilgnment菜單，選擇Alignment Parameters，再選擇Pairwise Alignment Parameters，如Figure 3，首先可以選擇比對的效果，是slow/accurate 還是fast/approximate。第一種模式采用的是動態規劃算法進行比對的，第二種模式采用的是啟發式的算法。除非序列非常長，一般采用第一種模式。可以選擇空位罰分系統，DNA或蛋白質替換矩陣，也可以自己上傳某個替換矩陣進行比對。

b.多條序列比對參數

點擊Alilgnment菜單，選擇Alignment Parameters，再選擇Multiple Alignment Parameters，如Figure4.

Delay divergent sequence是指當兩條序列的差異大于某個值（百分比）時，這兩條序列的比對將推遲進行，程序先比對相似序列，對于相似度不夠高的序列，晚些時候進行比對，加入到最終的多條序列比對結果時也要遲些。DNA transition Weight等于0的時候，程序將轉換當作錯配（mismatch）看待，等于1的時候，將轉換和匹配同等看待。當參與比對的序列差異較大時，DNA transition Weight應該選擇的小些（接近0），如果參與比對的序列差異較小時，DNA transition Weight可選擇的大些（接近1）。

基礎工具Clustalx的使用方法圖三

5 設置輸出格式：

點擊Alignment菜單，選擇Output Format Options，頁面如Figure 5。

默認的是輸出clustal format，如果需要其它格式，可在復選框里打勾。如PHYLIP格式是利用PHYLIP軟件進行建樹時，需要輸入的格式

6 進行比對：

點擊Alignment菜單，選擇Do Complete Alignment.此時出現一個對話框，提示比對結果保存的位置，上一步選擇了多少種輸出格式，這里就需要給出多少個文件的路徑。選擇好了點OK即可。

ClustalX 1.83 官方版

• 軟件性質：國外軟件
• 授權方式：免費版
• 軟件語言：英文
• 軟件大小：502 KB
• 下載次數：615 次
• 更新時間：2019/9/17 13:29:54
• 運行平臺：WinXP,Win7,...
• 軟件描述：CulsTAL X是CulsSTW多序列比對程序的Windows接口。它提供了用... [立即下載]