這是序列比對分析軟件，用于多重比對不同物種的序列，以確定該序列與其它序列間的同源性大小，是生物學上用來研究分子序列的應用程序，在對核酸與蛋白序列進行多序列比對時就要用到它。

使用方法

1.載入序列：運行ClustalX，主界面窗口如下所圖（圖1），依次在程序上方的菜單欄選擇“File”－“Load Sequence”載入待比對的序列，

clustalx下載使用教學圖一

clustalx下載使用教學圖二

2.編輯序列：對標尺(Ruler)上方的序列進行編輯操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、Paste sequences(粘貼)、Select All sequences(選定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列選定)、Search for string(搜索字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(僅移除選定序列的空位)

clustalx下載使用教學圖三

3.參數設置：可以根據分析要求設置相對的比對參數。通常情況下，我們可以使用默認參數。比對參數主要有六個，分別是Reset New Gaps before Alignment(比對前重置新的空位參數)，Reset All Gaps before Alignment（比對前重置所有空位參數），Pairwise Alignment Parameters（兩兩序列比對參數），Multiple Alignment Parameters（多重序列比對參數），Protein Gap Parameters（蛋白空位參數），Secondary structure Parameters（二級結構參數）

clustalx下載使用教學圖四

修改參數只需點擊相應標簽，示例比對的是多序列比對，故可選擇“Multiple Alignment Parameters”彈出參數設置窗口，如圖5所示：

clustalx下載使用教學圖五

4.完全比對：返回菜單欄選擇“Complete Alignment”標簽，此時會彈出輸出文件路徑的設置窗口，設置Guide Tree File（向導樹或指導樹文件）、Alignment File（比對文件）的保存位置（存放路徑），點擊“Align”按鈕程序自動開始序列的完全比對，比對所需時間因序列文件大小和長度、計算機性能而異

clustalx下載使用教學圖六

例子說明

A、B、C三條序列比對.

其實就是

A和B比

A和C比

B和C比

同理n條多序列比對就是做nC2次兩序列比對，因此多序列比對的本質就是多次兩條序列比對，也就是某條序列和其余的各個序列都進行一次比對.那么參數的設置當然就是設置兩條序列比對時的規則就可以了.

Clustalx的多序列比對算法是基于雙序列比對的，它先將所有序列兩兩比對，然后根據兩兩比對結果構建指導樹，再根據指導樹依次添加相似度最高的序列，直至全部序列都被加入.所以對雙序列比對參數的設置是Clustalx進行多序列比對所必需的~

漢化說明

直接釋放本壓縮包到任意目錄后后運行主程序即可！

程序中專業性的術語因個人譯法不同，特附參考翻譯說明，不當之處還望大家批評指證，以臻完善！

本軟件資源主要為ASCII資源，已完美漢化之，并為主菜單添加了相應快捷方式以方便使用:-）

特別感謝漢化新世紀論壇雅楓兄幫忙解決了軟件中字體的美化問題，并特別添加了XP樣式:-)

以上就是clustalx下載使用教學的全部內容。